قامت القوات المسلحة بإجراء تنسيق كامل مع جميع الجهات الأمنية في وزارة الداخلية، لاتخاذ كافة الإجراءات والتدابير الأمنية الضرورية، لتأمين زيارة بابا الفاتيكان، البابا فرنسيس والوفد المرافق له إلى البلاد، ومن المقرر أن تستمر الزيارة لمدة يومين، ورفعت القوات المسلحة درجة الاستعداد القصوى وانتشرت في البلاد تعاون الشرطة في تأمين زيارة بابا الفاتيكان، كما أنها قامت بعمل دوريات أمنية وكمائن مكثفة متحركة وثابته، كما أنها أحكمت السيطرة على جميع الطرق الرئيسية والمحاور مستخدمة أحدث وسائل التكنولوجيا الحديثة .
أما عن أجهزة الأمن فإنها انتشرت بكافة أنحاء القاهرة، وقامت وزارة الداخلية بدفع الفرق القتالية ووحدات الانتشار السريع يرافقها مئات الضباط وخبراء المفرقعات وأفراد الأمن لتأمين خط سير البابا فرنسيس، كما تم نصب الحواجز الحديدية على بطول خطوط سير الموكب بالإضافة إلى الشوارع المؤدية لها، ومنع توقف السيارات بصورة نهائية .
وكثفت قوات الشرطة من إجراءاتها الأمنية في طريق صلاح سالم والمناطق المجاورة لها، كل ذلك في إطار تأمين زيارة بابا الفاتيكان والود المرافق له، وشددت الإجراءات الأمنية بمطار القاهرة وتم تفتيش كافة العمال والموظفين وحقائب المسافرين بالمطار.
أما عن الكاتدرائية المرقسية و البطرسية في العباسية فقد حولتها أجهزة الأمن إلى ثكنة عسكرية، كما فرضت إجراءات أمن وتفتيش مشددة وحول الكنيستين، حيث تشهدان الكنيستان زيارة من البابا فرنسيس لإقامة قداس على أرواح شهداء الكنيسة البطرسية، الذين لقوا حتفهم في التفجير الإرهابي في ديسمبر الماضي، ولم يسمح لأي فرد بالدخول إلى الكنيسة إلا لمن يحمل دعوة مسبقة بعد خضوعه للتفتيش .